Se determinó que el porcentaje de área de claros en un bosque es un indicador del grado de alteración de un bosque nativo. Este indicador es fácil de medir y mapear en grandes superficies. el porcentaje de claros en bosques no alterados es generalmente menor a 17%

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Alrededor de un 53% de los bosques adultos de la región presentan algún grado de alteración. Siendo los bosques mas alterados los bosques siempreverdes, seguidos por los bosques de Lenga y finalmente los bosques de Coigue-Raulí -Tepa.

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Se han determinado zonas prioritarias para la recuperación del bosque en la región, estableciéndose que, 21.801 ha tienen alta prioridad, 144.103 ha tienen prioridad media y 64.545 tienen prioridad baja. La superficie con máxima prioridad se distribuye principalmente en las comunas de Mariquina, Lago Ranco y Panguipulli.